ยาบางชนิดมีฤทธิ์ในการลดจำนวนจุลินทรีย์ที่ก่อโรค แต่ก็ลดจำนวนจุลินทรีย์ชนิดดีเข้าไปด้วย หากรับประทานไปนาน ๆ ก็จะทำให้จำนวนโพรไบโอติกส์ลดลงอย่างรวดเร็ว เป็นการเปิดโอกาสให้เชื้อก่อโรคอื่น ๆ เข้ามาได้ง่าย